Yumurtalık kistlerine uygulanacak operasyon açık veya laparoskopi ile yapılabilir. Bu karar verilirken özellikle kistin kötü huylu olup olmadığı göz önüne alınır. Ultrasonografi, doppler ve kan testleri iyi huylu olabileceğini gösteriyorsa laparoskopi tercih edilebilir. Her iki operasyon şeklinde ya sadece kist alınır, ya da yumurtalık tamamen alınır.  Çıkartılan kistte şüpheli alanlar mevcutsa operasyon esnasında patoloji tarafından acil inceleme yapılır ve netice iyi huylu yönünde ise işlem sonlandırılır. Nadir de olsa kötü huylu kistlerde hastanın yaşı ve doğurganlığına göre operasyonun genişletilmesi gerekebilir.

Şekilde laparoskopi ile yapılan bir operasyonda kistin alınmadan önceki halini görmektesiniz. Bu kist içi berrak sıvı ile dolu olan bir kisttir. Yapılan operasyon kistin çıkarılması ve kalan yumurtalık dokusunun dikilmesi şeklinde gerçekleşti.